Annessa per più di un millennio alla più importante abbazia benedettina del territorio vicentino, l’attuale Basilica sorge ove in epoca romana esisteva una necropoli pagana cittadina.
La chiesa primitiva, risalente alla metà del IV secolo, era un’aula di 24 x 16,5 metri, individuabile oggi attraverso una fascia di marmo rosso posta nel pavimento della chiesa odierna.
Tra la fine del IV e la metà del V secolo fu edificata una vera basilica formata da tre navate divise da due file di pilastri, che misurava 45 x 22 metri. L’edificio, con i relativi annessi esterni (un atrio profondo sette metri, un ampio quadriportico e dei propilei) misurava circa 86,5 metri, confinando con un sacello e un battistero che arricchivano il complesso.
Durante l’VIII secolo si insediarono a San Felice i monaci benedettini, che costruirono un’abbazia in grado di trasformare il quartiere nel fulcro dell’attività religiosa. Essa venne dedicata a San Vito e a San Modesto.
Nell’ 802, impressionato dal prestigio raggiunto dall’abbazia, Carlo Magno visitò il complesso restandone affascinato.
L’abbazia fu protagonista a partire dal XIII secolo di una generale decadenza nonostante l’aiuto ricevuto da numerosi papi e vescovi, che avevano investito denaro e risorse al fine di ripristinare il primitivo prestigio.
I monaci benedettini a presidio del complesso furono investiti dalla brama di potere delle signorie, che tentavano di sopprimere economicamente e politicamente l’abbazia.
Il 3 gennaio del 1117 l’Italia settentrionale fu duramente colpita da una forte scossa di terremoto che danneggiò il campanile e la chiesa stessa. Sotto la guida dell’abate Alberto iniziarono i lavori di ricostruzione, ed è probabile che proprio allora fu aggiunta la cripta semicircolare e la chiesa ottenne un aspetto spiccatamente preromanico.
Nel 1463 il monastero venne annesso alla Congregazione di Santa Giustina di Padova: dopo questo sodalizio l’abbazia subì un notevole miglioramento organizzativo, che però non durò a lungo.
Il decadimento spirituale ed economico continuò durante tutto il ‘600 e il ‘700, facendo dell’abbazia un luogo di ricovero per gli appestati del 1630. A partire dal 1660 la chiesa fu protagonista di un ammodernamento secondo i canoni artistici dell’epoca. Davanti alla facciata romanica fu edificato un paramento a due ordini, alla cui base stava un atrio con portico di gusto barocco, coronato da balaustre con statue.
Anche l’interno venne ristrutturato: furono spostati diversi altari, il soffitto fu cassettonato, il presbiterio diviso dalla zona dei fedeli tramite una balconata, i muri decorati e affrescati. Risalgono infatti al 1662-1665 gli affreschi realizzati da Giulio Carpioni, raffiguranti l’ Incoronazione della Vergine per opera dello Spirito Santo.
Seguirono diversi rimaneggiamenti e passaggi di proprietà fino alla caduta della Serenissima: il complesso passò quindi al demanio cittadino, perdendo definitivamente il suo prestigio.
La facciata, risalente al XII secolo, è di laterizio scoperto, tripartita da lesene piatte. Il portale destro è originale, il sinistro è un’imitazione moderna mentre quello centrale è architravato e centinato.
Il portale centrale reca la data 1154 ma presenta residui di affresco di matrice ottoniana (precedente di circa due/tre secoli).
L’abside della basilica appare costruito in maniera stratificata: in realtà ciò ci permette di notarne i diversi momenti costruttivi. La parte inferiore, più rozza e irregolare, è riferibile alla prima costruzione voluta dal vescovo Rodolfo, quella superiore è databile al XII secolo ed è decorata da lesene e archetti binati.
All’interno della chiesa, in corrispondenza dell’area delimitante il perimetro della chiesa primitiva, si trova un mosaico pavimentale del IV secolo raffigurante anche alcuni ex voto perpetrati dai committenti.
Il campanile è l’unica parte risalente all’originario complesso basilicale, non essendo stato toccato dai rimaneggiamenti barocchi. Eretto nel X secolo come torre protettiva, fu distrutto dal terremoto del 1117, venendo in seguito ricostruito e trasformato in torre campanaria. Della costruzione originaria rimane solamente il basamento.
Nel 2005 è stato aperto un museo che conserva i reperti romani e paleocristiani rinvenuti sul sito.